ФК «Смена-Зенит» по регламенту первенства России обязан иметь собственный логотип. В качестве фирменного символичного изображения команды, которая будет в основном составлена из воспитанников петербургских школ, было избрано «яблочко» цели, в которое попадает винтажный футбольный мяч. Этот логотип символизирует попадание игроков из «Смены-Зенит» в основную команду клуба. Винтажный мяч, используемый в логотипе, подчёркивает преемственность поколений ленинградского-петербургского футбола. Логотип будет использоваться в двух вариантах – или на белом фоне, с сине-голубой надписью «Смена-Зенит» под ним, или на сине-голубом градиентном фоне с белым вариантом эмблемы.